Desde 1516, Cataluña forma parte de los territorios de los Habsburgo: un enorme imperio europeo, que también se extiende por América, liderado desde Castilla. Cataluña es un territorio periférico y con poca capacidad de intervención en los asuntos generales. Al norte, la frontera con Francia es escenario de continuas guerras, mientras que en el Mediterráneo la amenaza del Imperio otomano y el azote del corso berberisco están muy presentes.

Cataluña mantiene, sin embargo, su idiosincrasia y su sistema de gobierno, basado en las constituciones y en la tradición del pactismo. Esa tradición sigue evolucionando y se contrapone al autoritarismo creciente de la monarquía. Durante el siglo XVI, a pesar de los grandes conflictos, el país avanza demográficamente y la economía recupera parte de su antigua pujanza.

La violencia es una práctica frecuente en la Cataluña moderna. Muchos conflictos privados se resuelven por la vía de las armas. Los grupos de bandoleros son una consecuencia de los cambios sociales y económicos que conllevan una mayor polarización social. Venganzas, crímenes, secuestros, chantajes, atentados e incluso pequeñas guerras privadas proliferan en una sociedad impregnada de bandos.

El corso aumenta debido a la lucha entre los diversos estados mediterráneos y, especialmente, entre el Imperio otomano y la Monarquía Hispánica. Flotas procedentes de las costas del norte de África atacan las costas catalanas con virulencia. Lentamente, sin embargo, se organiza una red defensiva, basada en las torres de vigilancia.

Tras el concilio de Trento (1545-1563), la Iglesia católica redefine sus dogmas cuestionados por la Reforma protestante y dicta una nueva moralidad. En los reinos hispánicos, la Contrarreforma es impuesta por Felipe II y sus sucesores, con un importante componente de fanatismo y de intolerancia hacia el resto de creencias religiosas.

La estética renacentista da paso al Barroco, que se caracteriza por un lenguaje más exuberante. El catalán sigue siendo la lengua de uso popular a todos los niveles, y cuenta con grandes autores como Vicenç Garcia o Francesc de Fontanella. De todos modos, la aristocracia local se castellaniza y, paulatinamente, el castellano se convierte en la lengua predominante de cultura, al calor de la literatura del Siglo de Oro.

Durante el siglo XVII, las guerras entre España y Francia pasan forzosamente por territorio catalán. La presencia y la arbitrariedad de los tercios españoles, junto con la política autoritaria del gobierno del conde-duque de Olivares, son la chispa que enciende el conflicto social y político latente. En 1640, Cataluña se levanta contra la Monarquía Hispánica.

La revolución popular, protagonizada por los campesinos, va seguida de la revolución política encabezada por las instituciones. Esos hechos son rememorados en una canción popular, Els segadors, que es el origen del himno nacional de Cataluña. La larga guerra (1640-1659) se cierra con la firma del tratado de los Pirineos. En virtud de este tratado, el condado del Rosellón y parte de la Cerdaña son anexionados a la Corona francesa.

La muerte sin descendencia de Carlos II desencadena un conflicto de alcance internacional, la guerra de Sucesión (1702-1715). Más allá de la cuestión dinástica, en la disputa por el trono de la Monarquía Hispánica se mezclan cuestiones políticas, estratégicas y comerciales, que acaban por conformar dos bandos en el ámbito europeo.

Los catalanes, finalmente, se posicionan a favor del archiduque Carlos de Austria (Carlos III) y en contra del duque Felipe de Anjou (Felipe V), que tiene el apoyo de la corona de Castilla y de Francia. La derrota bélica y la caída de Barcelona, el 11 de septiembre de 1714, tienen como principal consecuencia la abolición de las constituciones e instituciones catalanas y el inicio de una durísima represión.